از کارهای شیخ بهائی، تعیین سمت قبله مسجد امام به مقیاس چهل درجه انحراف غربی از نقطه جنوب و خاتمه دادن به یک سلسله اختلاف نظر بود که مفتیان ابتدای عهد صفوی راجع به تشخیص قبله عراقین در مدت یک قرن و نیم اختلاف داشته اند.

یکی دیگر از کارهای شگفت که به بهائی نسبت می دهند، ساختمان گلخن گرمابه ای که هنوز در اصفهان مانده و به حمام شیخ بهائی یا حمام شیخ معروف است و آن حمام در میان مسجد جامع و هارونیه در بازار کهنه نزدیک بقعه معروف به درب امام واقع است و مردم اصفهان از دیر باز همواره عقیده داشته اند که گلخن آن گرمابه را بهائی چنان ساخته که با شمعی گرم می شد و در زیر پاتیل گلخن فضای تهی تعبیه کرده و شمعی افروخته در میان آن گذاشته و آن فضا را بسته بود و شمع تا مدتهای مدید همچنان می سوخت و آب حمام بدان وسیله گرم می شد و خود گفته بود که اگر روزی آن فضا را بشکافند، شمع خاموش خواهد شد و گلخن از کار می افتد و چون پس از مدتی به تعمیر گرمابه پرداختند و آن محوطه را شکافتند، فوراً شمع خاموش شد و دیگر از آن پس نتوانستند بسازند. همچنین طراحی منار جنبان اصفهان که هم اکنون نیز پا برجاست به او نسبت داده می شود.

از مفاخر و کارهای برجسته شیخ بهائی طراحی بقعه امیرالمومنین در نجف اشرف، ساخت دیوار قدیمی این شهر، ساخت منار جنبان اصفهان، طراحی مسجد شاه لطف الله اصفهان، تقسیم بندی آب زاینده رود و سخت گلخن حمام اصفهان که توسط یک شمع گرم می شد از اقدامات مهم معماری و مهندسی ایشان است. نقش چهار گلدسته اطراف گنبد از هنرهای معماری این عالم ربانی بوده است و تقارن آنها به گونه ای طراح شده که علیرغم فاصله طولانی از یکدیگر به صورت دو گلدسته در کنار گنبد به چشم می خورند.